İlk satın alma maliyetleri çok daha düşük olsa da, Linux sistemleri yönetmek için Linux profesyonellerine ödenen paralar sistemi 5 yılda toptan maliyet konusunda sınıfta bırakıyormuş. "Windows 2000 Versus Linux in Enterprise Computing" çalışmasında belirtilene göre Linux sistemlerin yönetimi, bakımı, sorun çözümlemesi, ve de yeniden kurulması Windows 2000'e göre çok büyük maliyet gerektiriyormuş.
Aynı zamanda da Windows 2000 için 3. parti programlar Linux'ta olduğundan çok daha fazlaymış.
Raporda belirtilen başka bir husus ise, IBM, HP, BMC, CA, NetIQ, Novell gibi şirketlerin Linux'ta çalışan programlar yazmaya başlamalarıyla bu maliyet farkı zamanla azalacakmış.