Moleküler Biyoloji, Bioinformatik, 21. yy. ve Perl

0
FZ
60'lı yıllarda uzaya gitmek son moda idi. Sonra hızlı bilgisayarlar, gösterişli teknolojiler geldi, 90'lar böyle geçti. 21. yy ise moleküler biyoloji çağı olacak gibi görünüyor. Bilgisayar teknolojisi ve moleküler biyolojide son 30 yıl içinde kaydedilen ilerlemeler hayat bilimlerinin çehresini bir hayli değiştirdi. Aslında biyoloji o kadar da değişmedi, halen saha çalışması yapan biyologlar günlerce egzotik mekanlarda, zor koşullarda dolanıp garip canlıları inceliyorlar. Ancak hesaplamalı moleküler biyoloji sayesinde `hayat´ kavramına bakışımız epey gelişti. Artık organizmaların iç yapısı hakkında çok daha derinlemesine soru sorabiliyoruz.

Peki bütün bunların, tüm zamanların en fantastik programlama dillerinden biri olan ve doğal dile öykünmesi ile de bilinen Perl programlama dili ile ilgisi nedir? `Hacking´ ve `biyoloji´ kavramları aynı cümle içinde kullanılabilir mi?
Genler ve proteinler: macera burada başlıyor. Bioinformatik alanı heyecanlandırıcı fikirlerle dolu. Ve ilginç araştırmalar yapma konusunda profesyonel ve amatör biyologların yardımına tahmin edebileceğiniz gibi GNU/Linux ve Perl koşuyor.

Konu ile ilgili daha detaylı bilgi isteyen moleküler biyoloji meraklıları konuya şu kitapları kullanarak fırtına gibi bir giriş yapabilirler: BLAST, Beginning Perl for Bioinformatics ve Developing Bioinformatics Computer Skills.

Belki de artık `life hackers´ kavramından bahsetmenin zamanı gelmiştir. Yirmibirinci yüzyıla hoşgeldiniz ;-)

İlgili Yazılar

Perl ve Prolog ile mantık programlama

FZ

Daha önce sık sık DSL (Domain Specific Language) yani alana özgü mini dillerin işleri nasıl kolaylaştıracağından bahsetmiştik.

Elindeki çekice bakıp her şeyi çivi olarak görmek yerine bilgisayar bilimlerinin ışığında çeşitli problemler için uygun çözümleri geliştirmeyi bilen yazılım uzmanlarının hoşuna gidebilecek bir makale çıktı O'Reilly Networks ortamında.

Perl Öğreniyoruz - 2

cayfer

Geçen hafta çözdüğümüz örneği bir de Perl'in özelliklerinden yararlanarak çözelim.

Editörün notu: Perl öğreniyoruz yazı dizisinin ikincisini okuyorsunuz. Sabırsız olanlarınız için cayfer.bilkent.edu.tr incelenmesi gereken bir adres.

Perl Öğreniyoruz - 5

cayfer

1. bölüm 2. bölüm 3. bölüm 4. bölüm
regexp'ler (Regular Expressions)Sözlüğe bakınca
regular: düzenli, muntazam, kurallı, kurallara uygun ve düzenli
expression: deyim, ifade, tabir, anlatım ve dışavurum
karşılıklarını buldum. Bence ingilizce Regular Expression sözcükleri de bu bölümde anlatacağım konuyu tam olarak anlatamıyor; çünkü aslında kavram adını ABD'li matematikçi Kleen'in Düzenli Kümeler Cebiri (Algebra of Regular Sets) üzerindeki çalışmalarından alıyor.

ePerl ile Kolay Internet Programlama

perlci

ePerl modülü ile Perl kodlarini tıpkı ASP ya da PHP gibi HTML dosyalarının içine gömebilirsiniz. Böylelikle daha kolay bir şekilde Perl kullanmış olursunuz. Bu modülü kullanabilmeniz için de tabii ki biraz Perl bilmeniz gerekir.
Daha fazla bilgiyi http://www.eperl.net adresinde bulabilirsiniz.

Editörün Notu: Rıza Çelik'e Perl'e katkılarından ötürü teşekkürler.

Windows için ideal Perl ortamı

sundance

Uzun zamandır Perl için Windows ortamında güzel bir Entegre Yazılım Geliştirme ortamı arıyordum, sonunda buldum Open Perl Ide

Gerek debug özellikleri ile gerekse editörünün sağladığı kolaylıklar ile gerçekten dört dörtlük bir Perl geliştirme ortamı, herkese tavsiye ederim.