Moleküler Biyoloji, Bioinformatik, 21. yy. ve Perl

0
FZ
60'lı yıllarda uzaya gitmek son moda idi. Sonra hızlı bilgisayarlar, gösterişli teknolojiler geldi, 90'lar böyle geçti. 21. yy ise moleküler biyoloji çağı olacak gibi görünüyor. Bilgisayar teknolojisi ve moleküler biyolojide son 30 yıl içinde kaydedilen ilerlemeler hayat bilimlerinin çehresini bir hayli değiştirdi. Aslında biyoloji o kadar da değişmedi, halen saha çalışması yapan biyologlar günlerce egzotik mekanlarda, zor koşullarda dolanıp garip canlıları inceliyorlar. Ancak hesaplamalı moleküler biyoloji sayesinde `hayat´ kavramına bakışımız epey gelişti. Artık organizmaların iç yapısı hakkında çok daha derinlemesine soru sorabiliyoruz.

Peki bütün bunların, tüm zamanların en fantastik programlama dillerinden biri olan ve doğal dile öykünmesi ile de bilinen Perl programlama dili ile ilgisi nedir? `Hacking´ ve `biyoloji´ kavramları aynı cümle içinde kullanılabilir mi?
Genler ve proteinler: macera burada başlıyor. Bioinformatik alanı heyecanlandırıcı fikirlerle dolu. Ve ilginç araştırmalar yapma konusunda profesyonel ve amatör biyologların yardımına tahmin edebileceğiniz gibi GNU/Linux ve Perl koşuyor.

Konu ile ilgili daha detaylı bilgi isteyen moleküler biyoloji meraklıları konuya şu kitapları kullanarak fırtına gibi bir giriş yapabilirler: BLAST, Beginning Perl for Bioinformatics ve Developing Bioinformatics Computer Skills.

Belki de artık `life hackers´ kavramından bahsetmenin zamanı gelmiştir. Yirmibirinci yüzyıla hoşgeldiniz ;-)

İlgili Yazılar

Perl // Küçük Regexp El Kitabı

Ansugo

Çok fazla kod yazıyor, ama bazı yerlerde tıkandığınızı hissediyorsunuz; == ile karşılaştırma yapabiliyor, ama string içinde arama yapmakta istiyorsunuz; ve en güzeli herhangi bir stringin altindan cikip cikmak istiyorsunuz, o zaman buyurun düzenli ifade cumhuriyetine.

Perl Öğreniyoruz - 2

cayfer

Geçen hafta çözdüğümüz örneği bir de Perl'in özelliklerinden yararlanarak çözelim.

Editörün notu: Perl öğreniyoruz yazı dizisinin ikincisini okuyorsunuz. Sabırsız olanlarınız için cayfer.bilkent.edu.tr incelenmesi gereken bir adres.

Windows için ideal Perl ortamı

sundance

Uzun zamandır Perl için Windows ortamında güzel bir Entegre Yazılım Geliştirme ortamı arıyordum, sonunda buldum Open Perl Ide

Gerek debug özellikleri ile gerekse editörünün sağladığı kolaylıklar ile gerçekten dört dörtlük bir Perl geliştirme ortamı, herkese tavsiye ederim.

ePerl ile Kolay Internet Programlama

perlci

ePerl modülü ile Perl kodlarini tıpkı ASP ya da PHP gibi HTML dosyalarının içine gömebilirsiniz. Böylelikle daha kolay bir şekilde Perl kullanmış olursunuz. Bu modülü kullanabilmeniz için de tabii ki biraz Perl bilmeniz gerekir.
Daha fazla bilgiyi http://www.eperl.net adresinde bulabilirsiniz.

Editörün Notu: Rıza Çelik'e Perl'e katkılarından ötürü teşekkürler.

Visual Perl, Visual Python

gencbeyin

Microsoft Visual Studio .NET için editör, grafik arındırıcı, dil deyimleri (regular expression) kontrolü ve XML Web servisleri programlama gibi özellikleri bulunan Visual Perl ve Visual Python 22.Ekim'de Los Angeles'da Active State'in kurucusu Dick Hardt tarafından Microsoft Professional Developers Conference'da ilan edildi. Yazıldıktan sonra her türlü platformda kullanılabilecek türden kod oluşturan geliştirme ortamı ilk üçüncü parti programlama dili paketi olarak nitelendirildi.