Moleküler Biyoloji, Bioinformatik, 21. yy. ve Perl

0
FZ
60'lı yıllarda uzaya gitmek son moda idi. Sonra hızlı bilgisayarlar, gösterişli teknolojiler geldi, 90'lar böyle geçti. 21. yy ise moleküler biyoloji çağı olacak gibi görünüyor. Bilgisayar teknolojisi ve moleküler biyolojide son 30 yıl içinde kaydedilen ilerlemeler hayat bilimlerinin çehresini bir hayli değiştirdi. Aslında biyoloji o kadar da değişmedi, halen saha çalışması yapan biyologlar günlerce egzotik mekanlarda, zor koşullarda dolanıp garip canlıları inceliyorlar. Ancak hesaplamalı moleküler biyoloji sayesinde `hayat´ kavramına bakışımız epey gelişti. Artık organizmaların iç yapısı hakkında çok daha derinlemesine soru sorabiliyoruz.

Peki bütün bunların, tüm zamanların en fantastik programlama dillerinden biri olan ve doğal dile öykünmesi ile de bilinen Perl programlama dili ile ilgisi nedir? `Hacking´ ve `biyoloji´ kavramları aynı cümle içinde kullanılabilir mi?
Genler ve proteinler: macera burada başlıyor. Bioinformatik alanı heyecanlandırıcı fikirlerle dolu. Ve ilginç araştırmalar yapma konusunda profesyonel ve amatör biyologların yardımına tahmin edebileceğiniz gibi GNU/Linux ve Perl koşuyor.

Konu ile ilgili daha detaylı bilgi isteyen moleküler biyoloji meraklıları konuya şu kitapları kullanarak fırtına gibi bir giriş yapabilirler: BLAST, Beginning Perl for Bioinformatics ve Developing Bioinformatics Computer Skills.

Belki de artık `life hackers´ kavramından bahsetmenin zamanı gelmiştir. Yirmibirinci yüzyıla hoşgeldiniz ;-)

İlgili Yazılar

Perl için FMOD Kütüphanesi

mustafa_

Fmod for Perl, FMOD müzik ve ses efektleri sistemleri kütüphanesine erişmek için geliştirilmiş bir Perl eklentisidir.

Neden Mac ?

sundance

Tamam kabul ediyorum, eğer evlerinin garajında Steve Wozniak ve Steve Jobs ilk Apple bilgisayarı yapmasalardı veya biraz geç kalsalardı belki de şu anda bilgisayar kullanmak için ehliyet almamız gerekecekti*. Fakat tescilli bir "geek" olarak ısrarla söylüyorum ki bilgisayardan anlamayanlar Apple kullansın, ben PC'den memnunum :p

Perl Öğreniyoruz - 3

cayfer

2. bölümün sonunda bu hafta "listeler"den söz edeceğimi söylemiştim.

Listeler (arrays) Perl'in çok güçlü olduğu konulardan birisidir. Perl'de bir listeden söz ederken değişken adının başına bir @ işareti koymalısınız. (Hatırlıyorsanız sayıl (scalar) değişkenlerin adı $ işareti ile başlardı).

Perl Öğreniyoruz - 5

cayfer

1. bölüm 2. bölüm 3. bölüm 4. bölüm
regexp'ler (Regular Expressions)Sözlüğe bakınca
regular: düzenli, muntazam, kurallı, kurallara uygun ve düzenli
expression: deyim, ifade, tabir, anlatım ve dışavurum
karşılıklarını buldum. Bence ingilizce Regular Expression sözcükleri de bu bölümde anlatacağım konuyu tam olarak anlatamıyor; çünkü aslında kavram adını ABD'li matematikçi Kleen'in Düzenli Kümeler Cebiri (Algebra of Regular Sets) üzerindeki çalışmalarından alıyor.

Perl // Küçük Regexp El Kitabı

Ansugo

Çok fazla kod yazıyor, ama bazı yerlerde tıkandığınızı hissediyorsunuz; == ile karşılaştırma yapabiliyor, ama string içinde arama yapmakta istiyorsunuz; ve en güzeli herhangi bir stringin altindan cikip cikmak istiyorsunuz, o zaman buyurun düzenli ifade cumhuriyetine.