Moleküler Biyoloji, Bioinformatik, 21. yy. ve Perl

0
FZ
60'lı yıllarda uzaya gitmek son moda idi. Sonra hızlı bilgisayarlar, gösterişli teknolojiler geldi, 90'lar böyle geçti. 21. yy ise moleküler biyoloji çağı olacak gibi görünüyor. Bilgisayar teknolojisi ve moleküler biyolojide son 30 yıl içinde kaydedilen ilerlemeler hayat bilimlerinin çehresini bir hayli değiştirdi. Aslında biyoloji o kadar da değişmedi, halen saha çalışması yapan biyologlar günlerce egzotik mekanlarda, zor koşullarda dolanıp garip canlıları inceliyorlar. Ancak hesaplamalı moleküler biyoloji sayesinde `hayat´ kavramına bakışımız epey gelişti. Artık organizmaların iç yapısı hakkında çok daha derinlemesine soru sorabiliyoruz.

Peki bütün bunların, tüm zamanların en fantastik programlama dillerinden biri olan ve doğal dile öykünmesi ile de bilinen Perl programlama dili ile ilgisi nedir? `Hacking´ ve `biyoloji´ kavramları aynı cümle içinde kullanılabilir mi?
Genler ve proteinler: macera burada başlıyor. Bioinformatik alanı heyecanlandırıcı fikirlerle dolu. Ve ilginç araştırmalar yapma konusunda profesyonel ve amatör biyologların yardımına tahmin edebileceğiniz gibi GNU/Linux ve Perl koşuyor.

Konu ile ilgili daha detaylı bilgi isteyen moleküler biyoloji meraklıları konuya şu kitapları kullanarak fırtına gibi bir giriş yapabilirler: BLAST, Beginning Perl for Bioinformatics ve Developing Bioinformatics Computer Skills.

Belki de artık `life hackers´ kavramından bahsetmenin zamanı gelmiştir. Yirmibirinci yüzyıla hoşgeldiniz ;-)

İlgili Yazılar

Visual Perl, Visual Python

gencbeyin

Microsoft Visual Studio .NET için editör, grafik arındırıcı, dil deyimleri (regular expression) kontrolü ve XML Web servisleri programlama gibi özellikleri bulunan Visual Perl ve Visual Python 22.Ekim'de Los Angeles'da Active State'in kurucusu Dick Hardt tarafından Microsoft Professional Developers Conference'da ilan edildi. Yazıldıktan sonra her türlü platformda kullanılabilecek türden kod oluşturan geliştirme ortamı ilk üçüncü parti programlama dili paketi olarak nitelendirildi.

Perl Öğreniyoruz - 5

cayfer

1. bölüm 2. bölüm 3. bölüm 4. bölüm
regexp'ler (Regular Expressions)Sözlüğe bakınca
regular: düzenli, muntazam, kurallı, kurallara uygun ve düzenli
expression: deyim, ifade, tabir, anlatım ve dışavurum
karşılıklarını buldum. Bence ingilizce Regular Expression sözcükleri de bu bölümde anlatacağım konuyu tam olarak anlatamıyor; çünkü aslında kavram adını ABD'li matematikçi Kleen'in Düzenli Kümeler Cebiri (Algebra of Regular Sets) üzerindeki çalışmalarından alıyor.

ePerl ile Kolay Internet Programlama

perlci

ePerl modülü ile Perl kodlarini tıpkı ASP ya da PHP gibi HTML dosyalarının içine gömebilirsiniz. Böylelikle daha kolay bir şekilde Perl kullanmış olursunuz. Bu modülü kullanabilmeniz için de tabii ki biraz Perl bilmeniz gerekir.
Daha fazla bilgiyi http://www.eperl.net adresinde bulabilirsiniz.

Editörün Notu: Rıza Çelik'e Perl'e katkılarından ötürü teşekkürler.

Perl, Divx, altyazı ve başının çaresine bakabilmek üzerine

sundance

Uzun zamandır izlemek istediğim, The Hustler'ı seyretmek için sonunda zaman bulabildim. Paul Newman'ın 1962'de başrolünü oynadığı bu film, yıllar sonra Color of Money'e de konu olacak Fast Eddie Felson'ın hikayesini anlatıyordu. Dahası Unix Junkie makalemde bahsettiğim insan modelinin belki de en iyi örneklerinden biriydi.

Fakat küçük bir problem vardı, filmindeki hiçbir dialoğu kaçırmamak için altyazıya ihtiyaç duyuyordum, fakat benim elimdeki film iki cd olmasına rağmen bulabildiğim yegane ingilizce altyazı üç cdlikti.

Durumdan vazife çıkartmaya zaten hazır bir FM sakini olarak, sıvadım kolları ve küçük bir perl betiki yazdım bu işi yapması için. Film hatırladığımdan bile güzeldi, ama böyle bir durumda bir beş, on dakika içinde problemi çözebilmek daha bile keyifliydi, GNU/Linux kullanıyor olmak keyifliydi :)

Perl ve Prolog ile mantık programlama

FZ

Daha önce sık sık DSL (Domain Specific Language) yani alana özgü mini dillerin işleri nasıl kolaylaştıracağından bahsetmiştik.

Elindeki çekice bakıp her şeyi çivi olarak görmek yerine bilgisayar bilimlerinin ışığında çeşitli problemler için uygun çözümleri geliştirmeyi bilen yazılım uzmanlarının hoşuna gidebilecek bir makale çıktı O'Reilly Networks ortamında.