Moleküler Biyoloji, Bioinformatik, 21. yy. ve Perl

0
FZ
60'lı yıllarda uzaya gitmek son moda idi. Sonra hızlı bilgisayarlar, gösterişli teknolojiler geldi, 90'lar böyle geçti. 21. yy ise moleküler biyoloji çağı olacak gibi görünüyor. Bilgisayar teknolojisi ve moleküler biyolojide son 30 yıl içinde kaydedilen ilerlemeler hayat bilimlerinin çehresini bir hayli değiştirdi. Aslında biyoloji o kadar da değişmedi, halen saha çalışması yapan biyologlar günlerce egzotik mekanlarda, zor koşullarda dolanıp garip canlıları inceliyorlar. Ancak hesaplamalı moleküler biyoloji sayesinde `hayat´ kavramına bakışımız epey gelişti. Artık organizmaların iç yapısı hakkında çok daha derinlemesine soru sorabiliyoruz.

Peki bütün bunların, tüm zamanların en fantastik programlama dillerinden biri olan ve doğal dile öykünmesi ile de bilinen Perl programlama dili ile ilgisi nedir? `Hacking´ ve `biyoloji´ kavramları aynı cümle içinde kullanılabilir mi?
Genler ve proteinler: macera burada başlıyor. Bioinformatik alanı heyecanlandırıcı fikirlerle dolu. Ve ilginç araştırmalar yapma konusunda profesyonel ve amatör biyologların yardımına tahmin edebileceğiniz gibi GNU/Linux ve Perl koşuyor.

Konu ile ilgili daha detaylı bilgi isteyen moleküler biyoloji meraklıları konuya şu kitapları kullanarak fırtına gibi bir giriş yapabilirler: BLAST, Beginning Perl for Bioinformatics ve Developing Bioinformatics Computer Skills.

Belki de artık `life hackers´ kavramından bahsetmenin zamanı gelmiştir. Yirmibirinci yüzyıla hoşgeldiniz ;-)

İlgili Yazılar

Perl programcısı olmaktan gurur duyanlar için özel !

sundance

Perl'ün yaratıcısı Larry Wall, alışageldiğimiz tarzında yaptığı sunumla, 7. geleneksel Perl Soğanının Durumu isimli toplantıda yine herkesi kırdı, geçirdi :)

'Biz, isteksizler,
cahiller tarafından öncülük edilen bir yolda,
imkansızı gerçekleştirmeye çalışıyoruz.
O kadar uzun süredir o kadar çok şeyi, (elimizdeki) o kadar az şeyle gerçekleştirdik ki
Artık (elimizdeki) hiçbir şeyle, herhangibir şeyi yapabilecek hale yetkinliğe eriştik.'

Perl Öğreniyoruz - 2

cayfer

Geçen hafta çözdüğümüz örneği bir de Perl'in özelliklerinden yararlanarak çözelim.

Editörün notu: Perl öğreniyoruz yazı dizisinin ikincisini okuyorsunuz. Sabırsız olanlarınız için cayfer.bilkent.edu.tr incelenmesi gereken bir adres.

Visual Perl, Visual Python

gencbeyin

Microsoft Visual Studio .NET için editör, grafik arındırıcı, dil deyimleri (regular expression) kontrolü ve XML Web servisleri programlama gibi özellikleri bulunan Visual Perl ve Visual Python 22.Ekim'de Los Angeles'da Active State'in kurucusu Dick Hardt tarafından Microsoft Professional Developers Conference'da ilan edildi. Yazıldıktan sonra her türlü platformda kullanılabilecek türden kod oluşturan geliştirme ortamı ilk üçüncü parti programlama dili paketi olarak nitelendirildi.

Perl 20. Doğum Günü ve Perl 5.10 Çıktı

anonim

Geçtiğimiz günlerde Perl'in 20. yaşgünü tüm dünyada coşku ile kutlandı. Doğum gününden 1 gün önce Perl Vakfı Perl 5.10'u duyurdu.

Perl 5.10 da görünen en önemli değişiklik smart match operator. Bir tür karşılaştırma yapmamıza yarayan operatör array içinde aradığımız scalar değeri bulmamızı sağlıyor. Yeni operatörümüz: "~~". Örnek vermek gerekirse $needle scalarimizi array @haystack içinde arıyorsak, kolayca yeni operatörümüzü kullanıyoruz.
if ($needle ~~ @haystack) ...

Sonuç olarak artık Perl'de tüm kaşılaştırmalar doğru şeyi yapmamızı sağlıyor.

Perl Öğreniyoruz - 3

cayfer

2. bölümün sonunda bu hafta "listeler"den söz edeceğimi söylemiştim.

Listeler (arrays) Perl'in çok güçlü olduğu konulardan birisidir. Perl'de bir listeden söz ederken değişken adının başına bir @ işareti koymalısınız. (Hatırlıyorsanız sayıl (scalar) değişkenlerin adı $ işareti ile başlardı).