Moleküler Biyoloji, Bioinformatik, 21. yy. ve Perl

0
FZ
60'lı yıllarda uzaya gitmek son moda idi. Sonra hızlı bilgisayarlar, gösterişli teknolojiler geldi, 90'lar böyle geçti. 21. yy ise moleküler biyoloji çağı olacak gibi görünüyor. Bilgisayar teknolojisi ve moleküler biyolojide son 30 yıl içinde kaydedilen ilerlemeler hayat bilimlerinin çehresini bir hayli değiştirdi. Aslında biyoloji o kadar da değişmedi, halen saha çalışması yapan biyologlar günlerce egzotik mekanlarda, zor koşullarda dolanıp garip canlıları inceliyorlar. Ancak hesaplamalı moleküler biyoloji sayesinde `hayat´ kavramına bakışımız epey gelişti. Artık organizmaların iç yapısı hakkında çok daha derinlemesine soru sorabiliyoruz.

Peki bütün bunların, tüm zamanların en fantastik programlama dillerinden biri olan ve doğal dile öykünmesi ile de bilinen Perl programlama dili ile ilgisi nedir? `Hacking´ ve `biyoloji´ kavramları aynı cümle içinde kullanılabilir mi?
Genler ve proteinler: macera burada başlıyor. Bioinformatik alanı heyecanlandırıcı fikirlerle dolu. Ve ilginç araştırmalar yapma konusunda profesyonel ve amatör biyologların yardımına tahmin edebileceğiniz gibi GNU/Linux ve Perl koşuyor.

Konu ile ilgili daha detaylı bilgi isteyen moleküler biyoloji meraklıları konuya şu kitapları kullanarak fırtına gibi bir giriş yapabilirler: BLAST, Beginning Perl for Bioinformatics ve Developing Bioinformatics Computer Skills.

Belki de artık `life hackers´ kavramından bahsetmenin zamanı gelmiştir. Yirmibirinci yüzyıla hoşgeldiniz ;-)

İlgili Yazılar

Perl, Divx, altyazı ve başının çaresine bakabilmek üzerine

sundance

Uzun zamandır izlemek istediğim, The Hustler'ı seyretmek için sonunda zaman bulabildim. Paul Newman'ın 1962'de başrolünü oynadığı bu film, yıllar sonra Color of Money'e de konu olacak Fast Eddie Felson'ın hikayesini anlatıyordu. Dahası Unix Junkie makalemde bahsettiğim insan modelinin belki de en iyi örneklerinden biriydi.

Fakat küçük bir problem vardı, filmindeki hiçbir dialoğu kaçırmamak için altyazıya ihtiyaç duyuyordum, fakat benim elimdeki film iki cd olmasına rağmen bulabildiğim yegane ingilizce altyazı üç cdlikti.

Durumdan vazife çıkartmaya zaten hazır bir FM sakini olarak, sıvadım kolları ve küçük bir perl betiki yazdım bu işi yapması için. Film hatırladığımdan bile güzeldi, ama böyle bir durumda bir beş, on dakika içinde problemi çözebilmek daha bile keyifliydi, GNU/Linux kullanıyor olmak keyifliydi :)

Perl // Küçük Regexp El Kitabı

Ansugo

Çok fazla kod yazıyor, ama bazı yerlerde tıkandığınızı hissediyorsunuz; == ile karşılaştırma yapabiliyor, ama string içinde arama yapmakta istiyorsunuz; ve en güzeli herhangi bir stringin altindan cikip cikmak istiyorsunuz, o zaman buyurun düzenli ifade cumhuriyetine.

Perl Öğreniyoruz - 5

cayfer

1. bölüm 2. bölüm 3. bölüm 4. bölüm
regexp'ler (Regular Expressions)Sözlüğe bakınca
regular: düzenli, muntazam, kurallı, kurallara uygun ve düzenli
expression: deyim, ifade, tabir, anlatım ve dışavurum
karşılıklarını buldum. Bence ingilizce Regular Expression sözcükleri de bu bölümde anlatacağım konuyu tam olarak anlatamıyor; çünkü aslında kavram adını ABD'li matematikçi Kleen'in Düzenli Kümeler Cebiri (Algebra of Regular Sets) üzerindeki çalışmalarından alıyor.

Perl Öğreniyoruz - 1

butch

Haydi millet toplanın. Perl öğrenmeye başlıyoruz :) Bundan sonra düzenli olarak bu köşede Can Uğur Ayfer tarafından hazırlanan Perl Öğreniyoruz makaleleri yayınlanacak. Bu makalelerde, klasik yöntemle, basit problemleri adım adım çözerek beraberce Perl öğreneceğiz. Buyrun ilk derse...

(Can Uğur Ayfer, Kim Korkar Unix`den, Perl ve MySQL ile Cgi Programlama gibi kitapların yazarı, 1973 yılından beri ülkemizde bilgisayar sektörünün duayenlerinden birisidir. Halen aktif olarak çalışmakta öğrenmeye, öğretmeye aynı coşku ile devam etmektedir. Kendisine sonsuz teşekkürler)

Geleceğin Programlama Dili: Perl 6

FZ

Bazı programlama dillerinin takipçileri vardır, bazılarının fanatikleri. Ancak çok az programlama dili ile ilgili kitapta o programlama dilinin "kültürü"ne ve doğal dil ile ilişkisine dair özel bir bölüm bulabilirsiniz.

Kolayı kolay, imkansızı mümkün kılan Perl dili 16 yıl önce yani 1987 yılında doğduğunda bu kadar yaygınlaşabileceğini ve genişleyeceğini belki de yaratıcısı Larry Wall bile tahmin etmiyordu.

Şimdi ise Larry Wall ve önderliğindeki dahi programcı ekibi binlerce Perl programcısının isteklerini de inceleyerek yeni bir efsaneye imza atmak için geceli gündüzlü çalışıyorlar. Beyler, bayanlar, karşınızda Perl 6'nın hikayesi: