Moleküler Biyoloji, Bioinformatik, 21. yy. ve Perl

0
FZ
60'lı yıllarda uzaya gitmek son moda idi. Sonra hızlı bilgisayarlar, gösterişli teknolojiler geldi, 90'lar böyle geçti. 21. yy ise moleküler biyoloji çağı olacak gibi görünüyor. Bilgisayar teknolojisi ve moleküler biyolojide son 30 yıl içinde kaydedilen ilerlemeler hayat bilimlerinin çehresini bir hayli değiştirdi. Aslında biyoloji o kadar da değişmedi, halen saha çalışması yapan biyologlar günlerce egzotik mekanlarda, zor koşullarda dolanıp garip canlıları inceliyorlar. Ancak hesaplamalı moleküler biyoloji sayesinde `hayat´ kavramına bakışımız epey gelişti. Artık organizmaların iç yapısı hakkında çok daha derinlemesine soru sorabiliyoruz.

Peki bütün bunların, tüm zamanların en fantastik programlama dillerinden biri olan ve doğal dile öykünmesi ile de bilinen Perl programlama dili ile ilgisi nedir? `Hacking´ ve `biyoloji´ kavramları aynı cümle içinde kullanılabilir mi?
Genler ve proteinler: macera burada başlıyor. Bioinformatik alanı heyecanlandırıcı fikirlerle dolu. Ve ilginç araştırmalar yapma konusunda profesyonel ve amatör biyologların yardımına tahmin edebileceğiniz gibi GNU/Linux ve Perl koşuyor.

Konu ile ilgili daha detaylı bilgi isteyen moleküler biyoloji meraklıları konuya şu kitapları kullanarak fırtına gibi bir giriş yapabilirler: BLAST, Beginning Perl for Bioinformatics ve Developing Bioinformatics Computer Skills.

Belki de artık `life hackers´ kavramından bahsetmenin zamanı gelmiştir. Yirmibirinci yüzyıla hoşgeldiniz ;-)

İlgili Yazılar

Perl Öğreniyoruz - 4

cayfer

Daha önceki bölümler:
1. bölüm
2. bölüm
3. bölüm
Bu hafta konumuzda çağrışımlı listeler var, Haftaya "regexp"ler! Bu arada merak ettiğim birşey var: Acaba bu Perl tefrikasından yararlanan var mı?

Perl programcısı olmaktan gurur duyanlar için özel !

sundance

Perl'ün yaratıcısı Larry Wall, alışageldiğimiz tarzında yaptığı sunumla, 7. geleneksel Perl Soğanının Durumu isimli toplantıda yine herkesi kırdı, geçirdi :)

'Biz, isteksizler,
cahiller tarafından öncülük edilen bir yolda,
imkansızı gerçekleştirmeye çalışıyoruz.
O kadar uzun süredir o kadar çok şeyi, (elimizdeki) o kadar az şeyle gerçekleştirdik ki
Artık (elimizdeki) hiçbir şeyle, herhangibir şeyi yapabilecek hale yetkinliğe eriştik.'

Perl: Engellilere Yardım Eden Programlama Dili

FZ

Perl'ü hemen her şey için kullanıyoruz; Web geliştirimi, veri işleme, sistem yönetimi hatta biyolojik araştırmalar için. Çoğumuz Perl'ü bu işlerden birisi için kullandık. Ancak sadece bir kaç kişi Perl'ü grafik arabirimli (GUI) son-kullanıcı programları oluşturmak için kullanmıştır ve bildiğim kadarıyla, bu dünyada sadece iki kişi Perl'ü engellilerin hayatını kolaylaştırmak için kullandı: Jon Bjornstad ve ben. Bazı insanlar, bizim Perl'ü kullanma şeklimizi özel bir durum olarak görebilirler fakat benim hikayem size, yazılım geliştirebilen herhangi bir babanın, çocuğu için yapacağını yaptığımı gösterecek.

Perl, Divx, altyazı ve başının çaresine bakabilmek üzerine

sundance

Uzun zamandır izlemek istediğim, The Hustler'ı seyretmek için sonunda zaman bulabildim. Paul Newman'ın 1962'de başrolünü oynadığı bu film, yıllar sonra Color of Money'e de konu olacak Fast Eddie Felson'ın hikayesini anlatıyordu. Dahası Unix Junkie makalemde bahsettiğim insan modelinin belki de en iyi örneklerinden biriydi.

Fakat küçük bir problem vardı, filmindeki hiçbir dialoğu kaçırmamak için altyazıya ihtiyaç duyuyordum, fakat benim elimdeki film iki cd olmasına rağmen bulabildiğim yegane ingilizce altyazı üç cdlikti.

Durumdan vazife çıkartmaya zaten hazır bir FM sakini olarak, sıvadım kolları ve küçük bir perl betiki yazdım bu işi yapması için. Film hatırladığımdan bile güzeldi, ama böyle bir durumda bir beş, on dakika içinde problemi çözebilmek daha bile keyifliydi, GNU/Linux kullanıyor olmak keyifliydi :)

Kevin Poulsen iş başında!

sundance

Güvenlik dünyasının meşhur kötü çocuklarından, eski Security Focus yazarı Kevin Paulsen, yazdığı bir Perl scriptle U.S. National Sex Offender Registry kayıtları ile MySpace kullanıcılarını karşılaştırıp, bir cinsel suç zanlısının tespitine yardımcı olmuş.

Kendisini daha çok Los Angeles'daki KISS FM'in 102. arayan kişiye verdiği Porsche 944 S2'i kazanabilmek için, bütün telefon konuşmalarını durduran kişi olarak tanıdığımız Dark Dante kod adlı Poulsen yıllardır bilgi güvenliği alanında gazetecilik yapmakta, hatta zaman zaman bu olaydaki gibi otoritelere yardımcı olmakta.